El detective Shigeta (Takayuki Yamada) investiga las misteriosas desapariciones de personas que están teniendo lugar, además de perseguir a una extraña secta que busca el “pequeño orbe negro”. Mientras tanto, Kei Kurono (Kazunari Ninomiya) continúa su aventura matando a aliens para lograr alcanzar la puntuación máxima, mientras se dedica a cuidar del hermano de Kato (Kenichi Matsuyama). Pero pronto algo deja de ser como siempre: Gantz empieza a actuar de forma extraña, y las normas que rigen la batalla entre humanos y extraterrestres saltan por los aires. Una guerra abierta se ha iniciado, y el objetivo de ambas partes es la peor pesadilla que Kei Kurono podría haber imaginado.